Зеленчукская ГЭС-ГАЭС работает в пиковой части графика нагрузок энергосистемы Юга России, обеспечивает высокоманевренный резерв при нарушениях и отклонениях в энергетической системе, а в насосном режиме поддерживает график нагрузки энергосистемы в ночные часы снижения электропотребления. Работа станции позволяет перераспределять часть стока рек Большой Зеленчук, Марухи и Аксаута в реку Кубань для увеличения водоподачи в Большой Ставропольский канал с целью орошения засушливых земель Калмыкии, Ставропольского края и Ростовской области, а также увеличения выработки электроэнергии на станциях Каскада Кубанских ГЭС.